一般準備幾個氣相色譜柱就基本可以解決各類氣相色譜分析工作的要求，可優先選擇固定液分別為SE-30（或者OV-101）、OV-17、PEG-20M、DEGS、FFAP的柱子各一個。對于填充柱，擔體可選白色擔體、紅色擔體（包括未酸洗、酸洗、硅烷化）、GDX系列（或者Porapak系列）三種，基本可以解決工作中絕大部分項目。氣相色譜常用的載氣是：氫氣、氮氣、氬氣、氦氣。
對柱子長短的選擇：由于分辨率與柱長的平方根成正比。柱子長，則提高分辨率。一般來說：15m的短柱用于快速分離較簡單的樣品，也適于快速成分掃描分析;30m的色譜柱是常用的柱長，大多數分析在此長度的柱子上完成;50m、60m或更長的氣相色譜柱/氣象色譜柱用于分離比較復雜的樣品。
對于口徑的選擇：柱徑直接影響柱子的效率、保留特性和樣品容量。小口徑柱比大口徑柱有更高柱效，但柱容量更小。
0.25mm：具有較高的柱效，柱容量較低。分離復雜樣品較好。
0.32mm：柱效稍低于0.25mm的色譜柱，但柱容量約高60%。
0.53mm：具有類似于填充柱的柱容量，可用于分流進樣，也可用于不分流進樣，當柱容量是主要考慮因素時（如痕量分析），選擇大口徑毛細管柱較為合適。專家認為，對于普通用戶，可選30米或50米長的毛細管，口徑選0.32mm較為便利。